تغییرات اقلیمی یکی از مهم‌ترین چالش‌های قرن حاضر است که اثرات آن به‌طور مستقیم و غیرمستقیم بر اکوتوریسم نمایان می‌شود. افزایش دمای زمین، تغییر الگوهای بارش و ذوب یخچال‌های طبیعی، چشم‌انداز بسیاری از مقاصد گردشگری را دگرگون کرده است. مناطق کوهستانی که زمانی پر از برف بودند، در فصل‌های گرم‌تر با کاهش پوشش برف روبه‌رو هستند و جذابیت گردش‌های زمستانی خود را از دست می‌دهند. در نواحی ساحلی، بالا آمدن سطح آب دریا موجب فرسایش سواحل و تهدید اکوسیستم‌های مرجانی شده است. بسیاری از گونه‌های گیاهی و جانوری نیز به‌دلیل تغییر شرایط آب‌وهوایی مجبور به مهاجرت یا کاهش جمعیت شده‌اند. این تغییرات نه‌تنها مناظر طبیعی را تغییر می‌دهد، بلکه معیشت جوامع محلی وابسته به گردشگری را تحت تأثیر قرار می‌دهد. در کنار این تهدیدها، برخی مناطق نیز با افزایش وقوع بلایای طبیعی مانند سیل، طوفان و آتش‌سوزی مواجه شده‌اند که امنیت گردشگران را به خطر می‌اندازد. اکوتوریسم برای بقا نیازمند انطباق با شرایط جدید و برنامه‌ریزی پایدار است.